ANALISIS KERAGAMAN DNA TANAMAN DURIAN SUKUN (Durio zibethinus Murr.) BERDASARKAN PENANDA RAPD
ABSTRAK: Durian (Durio
zibenthinus Murr.) merupakan buah-buahan tropis dari Asia Tenggara. Beberapa
genotipe durian lokal
telah dilepas menjadi
varietas unggul, yaitu durian
sukun, sunan, kani,
monthong dan petruk,
namun sampai saat
ini belum diketahui keragaman
DNA. Alternatif untuk
mengkaji keragaman DNA durian
adalah dengan menggunakan
penanda RAPD. Tujuan
penelitian adalah mengkaji keragaman
DNA pada varietas
durian sukun, sunan,
kani, monthong, dan petruk
serta mengkaji keragaman
DNA durian sukun
yang ditanam pada wilayah yang berbeda berdasarkan penanda
RAPD.
Penelitian dilaksanakan di
Laboratorium Balai Besar
Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan
Tanaman Hutan di
Yogyakarta mulai bulan November 2008 sampai bulan Januari
2009. Bahan penelitian analisis keragaman DNA
antar varietas durian
adalah daun tanaman
durian sukun, sunan,
kani, monthong dan petruk
yang ada di
kebun benih Ranukitri
Karanganyar. Bahan penelitian analisis
keragaman DNA durian
sukun pada wilayah
penanaman berbeda adalah daun
tanaman durian sukun
dari Gempolan Karanganyar,
durian sukun dari Kebun
Benih Ranukitri Karanganyar,
durian sukun dari
Jepara dan durian sukun
dari Salatiga. Selanjutnya
dilakakukan analisis DNA
terhadap sampel daun yang
diawali dengan isolasi
DNA, uji kuantitas
dan kualitas DNA, seleksi
primer, dan amplifikasi
dengan PCR. Visualisasi
hasil PCR dilakukan dengan elektroforesis menggunakan
etidium bromide yang
menghasilkan pita DNA. Pita
DNA selanjutnya dianalisis
dengan program NTSYS
untuk mendapatkan keragaman DNA antar varietas durian dan keragaman DNA
durian sukun pada wilayah penanaman berbeda.
Seleksi primer menghasilkan
6 primer polimorfik
yang digunakan, yaitu primer
OPA-01, OPA-02, OPA-07,
OPA-16, OPA-18 dan
OPA-19. Pola pita DNA
hasil amplifikasi menunjukkan
adanya keragaman antar
varietas durian sukun, sunan,
kani, monthong dan
petruk serta menunjukkan
keragaman durian sukun yang
ditanam di wilayah yang berbeda. Dendrogram pengelompokkan pada lima varietas
durian cenderung memisah,
yaitu durian sukun,
sunan, monthong dan petruk
merupakan satu kelompok
yang memisah dengan
durian kani. Dendrogram pengelompokkan durian
sukun yang ditanam
pada wilayah berbeda menghasilkan dua
kelompok, yaitu kelompok
I terdiri dari
durian sukun dari Gempolan
Karanganyar dan durian
sukun dari Salatiga.
Kelompok II terdiri
dari durian sukun dari
Kebun Benih Ranukitri
Karanganyar dan durian
sukun dari Jepara.
Penulis: Endang Yuniastuti,
Supriyadi, Ismi Puji Ruwaida
Kode Jurnal: jpbiologidd100096
