ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK
ABSTRAK: Populasi badak
Sumatera dewasa ini semakin terancam keberadaannya. Hal ini disebabkan oleh
beberapa faktor, diantaranya adalah semakin maraknya perburuan liar, rusaknya
habitat alamnya yang disebabkan oleh konversi hutan yang cenderung tidak
terkendali. Populasi kecil lebih rentan pada penurunan keragaman genetik karena
efek inbreeding serta terfiksasinya beberapa alela tertentu dalam populasi sehingga
hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami penurunan kemampuan berevolusi
atau adaptasinya pada lingkungan yang berubah. Selain itu berkurangnya
populasi, faktor lain adalah terjadinya fragmentasi suatu habitat yang akan
mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan meningkatnya genetic drift.
Keragaman genetik turut menentukan keberhasilan konservasi populasi. Oleh
karena itu penelitian keragaman genetik dari populasi Badak Sumatera merupakan
langkah penting yang harus dilakukan, dan keberhasilan penelitian ini merupakan
langkah dalam konservasi badak Sumatera.
Pengumpulan sampel darah berasal dari SRS (Suaka Rhino Sumatera) TN Way
Kambas Lampung. Sample berupa darah dari 2 ekor badak sumatera berjenis kelamin
betina (Rosa & Bina) dan 2 ekor badak jantan (Torgamba & Andalas).
Isolasi dan purifikasi DNA Total dilakukan menggunakan metode Duryadi.
Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan PCR menggunakan
pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR.
Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan menggunakan
pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR menghasilkan fragmen DNA berukuran 711 bp.
Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar individu
badak Sumatera dan spesies badak lain melalui penggunaan analisis perhitungan
Pairwie Distance dengan p-distance dapat ditunjukkan matriks perbedaan genetik
antara badak Sumatera dan badak outgroup (badak India dan badak Afrika), hasil
perhitungan berdasarkan daerah CO I parsial menunjukkan nilai jarak genetik
berkisar antara 0.016 sampai 0.147. Jarak genetik pada Bina (♀) terlihat
dekat dengan Torgamba (♂) sebesar 0.007. Hubungan kekerabatan CO I menggunakan
Neighbor-Joining dengan pengolahan bootstrap 1000 terlihat bahwa badak putih
Afrika berbeda kelompok dengan badak Asia. Di dalam kelompok badak Asia
terlihat bahwa badak India sama dengan kelompok dengan badak Sumatera
(Indonesia). Di dalam badak Sumatera (Indonesia) sendiri terjadi keragaman.
Berdasarkan hasil sekuen gen CO I terdapat situs-situs spesifik pada badak
Sumatera sebesar adalah 67% hasil tersebut dapat digunakan sebagai data base
dalam penelitian-penelitian selanjutnya.
Penulis: Handayani, Dedy
Duryadi Solihin, Hadi S Alikodra
Kode Jurnal: jpbiologidd110209

Artikel Terkait :
Jp Biologi dd 2011
- Kondisi Parameter Biologi Plankton dan Ikan di Perairan Danau Sentani
- Profil Mamalia Kecil Gunung Slamet Jawa Tengah
- Pemberian pelet formula pada landak Jawa (Hystrix javanica F. Cuvier, 1823) : pengaruhnya terhadap konsumsi, konversi pakan, dan kecernaan pada kondisi pra budidaya
- Analisis Fekunditas dan Diameter Telur Kerang Darah (Anadara antiquata) di Perairan Pulau Auki, Kepulauan Padaido, Biak, Papua
- Serapan Karbondioksida (CO2) Jenis-Jenis Pohon di Taman Buah "Mekar Sari" Bogor, Kaitannya dengan Potensi Mitigasi Gas Rumah Kaca
- Dimorfisme Seksual, Reproduksi dan Mangsa Kadal Ekor Panjang Takydromus sexlineatus Daudin, 1802 (Lacertilia :Lacertidae)
- Kajian Hubungan Antara Fitoplankton dengan Kecepatan Arus Air Akibat Operasi Waduk Jatiluhur
- Eritrosit dan Hemoglobin pada Kelelawar Gua di Kawasan Karst Gombong, Kebumen, Jawa Tengah
- Sintesis Alkil N-asetilglukosamina (Alkil-GlcNAc) dengan Enzim N-asetilheksosaminidase yang diisolasi dari Aspergillus sp. 501
- Bentuk Sel Epidermis, Tipe dan Indeks Stomata 5 Genotipe Kedelai pada Tingkat Naungan Berbeda
- Tingkat Eksploitasi Ikan Endemik Bonti-bonti (Paratherina striata) di Danau Towuti
- Morfologi Larva dan Pola Infeksi Falcaustra kutcheri Bursey et.al., 2000 (Nematoda : Cosmocercoidea: Kathalaniidae) Pada Leucocephalon yuwonoi (McCord et.al., 1995) Di Sulawesi Tengah, Indonesia
- Bird Community Structure in Karimunjawa Islands, Central Jawa
- Genetic Variation of Agathis loranthifolia Salisb. in West Jawa Assessed by RAPD
- Forest Condition Analysis Based on Forest Canopy ClosureWith Remote Sensing Approach
- Phylogenetic relationships within Cockatoos (Aves: Psittaciformes) Based on DNA Sequences of The Seventh intron of Nuclear β-fibrinogen gene
- Perbandingan Hasil Belajar Biologi Materi Sistem Saraf Dengan Menerapkan Model Pembelajaran Kooperatif Tipe Grup investigasi dan Model Pembelajaran Langsung Pada Siswa Kelas IX IPA SMA Negeri 1 Sungguminasa
- Pengaruh Pendekatan Inquiry dan Discovery Terhadap Hasil Belajar Biologi Siswa Kelas XI SMA Negeri 1 Walenrang
- Indeks Keanekaragaman Makrozoobentos Sebagai Bioindikator Tingkat Pencemaran Di Muara Sungai Jeneberang
- Keanekaragaman Jamur Basidiomycota Di kawasan Gunung Bawakaraeng (Studi Kasus: Kawasan Sekitar Desa Lembanna Kecamatan Tinggi Moncong Kabupaten Gowa)
- Pengaruh Penerapan Model Pembelajaran Kooperatif Tipe Giving Question dan Getting Answer Pada Konsep Sistem Gerak Terhadap Hasil Belajar Siswa SMAN 4 Bantimurung
- Analisis Kadar Etanol Hasil Fermentasi Ragi Roti Pada Tepung umbi Gadung (Dioscorea hispida Dennst) terhadap kadar etanol
- Implementasi Soal-Soal Berstruktur Berbasis Information and Communication Technology (ICT) untuk Meningkatkan Aktivitas dan Hasil Belajar Biologi Siswa Kelas XI IPA1 SMA Negeri 1 Tellu Limpoe Kabupaten Sidenreng Rappang
- Pengaruh Cara Pengolahan Umbi Tire (Amorphophallus sp.) terhadap Kadar Kalsium Oksalat
- Potensi Bakteri Zoogloea Sp sebagai Bakteri Pembentuk Bioflok pada Sistem Pertambakan