ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK
ABSTRAK: Populasi badak
Sumatera dewasa ini semakin terancam keberadaannya. Hal ini disebabkan oleh
beberapa faktor, diantaranya adalah semakin maraknya perburuan liar, rusaknya
habitat alamnya yang disebabkan oleh konversi hutan yang cenderung tidak
terkendali. Populasi kecil lebih rentan pada penurunan keragaman genetik karena
efek inbreeding serta terfiksasinya beberapa alela tertentu dalam populasi sehingga
hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami penurunan kemampuan berevolusi
atau adaptasinya pada lingkungan yang berubah. Selain itu berkurangnya
populasi, faktor lain adalah terjadinya fragmentasi suatu habitat yang akan
mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan meningkatnya genetic drift.
Keragaman genetik turut menentukan keberhasilan konservasi populasi. Oleh
karena itu penelitian keragaman genetik dari populasi Badak Sumatera merupakan
langkah penting yang harus dilakukan, dan keberhasilan penelitian ini merupakan
langkah dalam konservasi badak Sumatera.
Pengumpulan sampel darah berasal dari SRS (Suaka Rhino Sumatera) TN Way
Kambas Lampung. Sample berupa darah dari 2 ekor badak sumatera berjenis kelamin
betina (Rosa & Bina) dan 2 ekor badak jantan (Torgamba & Andalas).
Isolasi dan purifikasi DNA Total dilakukan menggunakan metode Duryadi.
Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan PCR menggunakan
pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR.
Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan menggunakan
pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR menghasilkan fragmen DNA berukuran 711 bp.
Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar individu
badak Sumatera dan spesies badak lain melalui penggunaan analisis perhitungan
Pairwie Distance dengan p-distance dapat ditunjukkan matriks perbedaan genetik
antara badak Sumatera dan badak outgroup (badak India dan badak Afrika), hasil
perhitungan berdasarkan daerah CO I parsial menunjukkan nilai jarak genetik
berkisar antara 0.016 sampai 0.147. Jarak genetik pada Bina (♀) terlihat
dekat dengan Torgamba (♂) sebesar 0.007. Hubungan kekerabatan CO I menggunakan
Neighbor-Joining dengan pengolahan bootstrap 1000 terlihat bahwa badak putih
Afrika berbeda kelompok dengan badak Asia. Di dalam kelompok badak Asia
terlihat bahwa badak India sama dengan kelompok dengan badak Sumatera
(Indonesia). Di dalam badak Sumatera (Indonesia) sendiri terjadi keragaman.
Berdasarkan hasil sekuen gen CO I terdapat situs-situs spesifik pada badak
Sumatera sebesar adalah 67% hasil tersebut dapat digunakan sebagai data base
dalam penelitian-penelitian selanjutnya.
Penulis: Handayani, Dedy
Duryadi Solihin, Hadi S Alikodra
Kode Jurnal: jpbiologidd110209
