Identifikasi Synaptula (Echinodermata: Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI

ABSTRAK: Identifikasi spesies yang terkoleksi di perairan Raja Ampat perlu dilakukan untuk mendapatkan data  biodiversitas  perairan Raja  Ampat.  Synaptula  merupakan  salah  satu  timun  laut  dan   merupakan organisme  salah  satu  organisme  yang  cryptic  species. Penelitian  ini  bertujuan  untuk mengidentifikasi Synaptula yang dikoleksi dari perairan Raja Ampat menggunakanmetode molekuler dengan marker gen COI.  Alasan  memilih  Synaptula   untuk  diidentifikasi  dikarenakan  spesiemen  tersebut  masih teridentifikasi sampai tingkat genus. Metode identifikasi secara molekuler yang digunakan adalah DNA barcoding,  dengan  tahapan,  isolasi  DNA,  PCR,  dan  sekuensing.  Hasil  penelitian  yang  telah  dilakukan menunjukkan  bahwa  Synaptula  dari  Raja  Ampat  (UNP  101)  memiliki  kemiripan  yang  tinggi  dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina, namun  Synaptula UNP 101 dari Raja Ampat dengan  Synaptula reciprocans  jarak genetik sebesar 76.8% dan nilai similaritas sebesar 23.6% sehingga dapat  diartikan  bahwa  memiliki  perbedaan  yang  besar.  Perbedaan   hasil  identifikasi  kemungkinan disebabkan  oleh  kontaminasi  DNA  template  Synaptula  oleh  DNA  template  Plakobranchus  UNP  67A dikarenakan proses identifikasi dilakakukan dalam waktu yang bersamaan.

Kata Kunci: gen COI,identifikasi, Synaptula

Penulis: Robitoh Desi Kurniasari, Aris Soewondo, Abdul Hamid Toha

Kode Jurnal: jpbiologidd140068

Artikel Terkait :

Jp Biologi dd 2014

• STATUS GIZI ANAK SEKOLAH DASAR BERDASARKAN TINGKAT PENDIDIKAN IBU RUMAH TANGGANYA (Studi Kasus di Dusun Cimanglit, Desa Pasir Biru, Rancakalong, Sumedang, Jawa Barat)
• INFEKSI JAMUR ENTOMOPATOGEN Metarhizium anisopliae (Sorokin) (1883) YANG DIAPLIKASIKAN BERSAMA SENYAWA ANDROGRAFOLIDA TERHADAP MORTALITAS LARVA Crocidolomia pavonana (Fabricus) (1794)
• STUDI PERBANDINGAN STRUKTUR KOMUNITAS TUMBUHAN DI TAMAN WISATAALAM DAN CAGAR ALAM PANANJUNG PANGANDARAN, KABUPATEN PANGANDARAN, JAWA BARAT
• PENURUNAN KANDUNGAN BAHAN ORGANIK & COLIFORM DALAM LINDI TPA SARIMUKTI OLEH Paramecium caudatum PADA pH DAN OKSIGEN TERLARUT YANG BERBEDA
• POTENSI BAKTERI PROBIOTIK ASAL BAYAM (Amaranthus tricolor L.) SEBAGAI ANTI Helicobacter pylori PENYEBAB GASTRITIS
• EFEKTIVITAS FORMULASI Helicoperva armigera NUCLEAR POLYHEDROSIS VIRUS HASIL SUB KULTUR (HaNPV1) TERHADAP MORTALITAS, WAKTU KEMATIAN DAN BERAT BADAN LARVA Spodoptera litura Fabricius (1775)
• STRUKTUR KOMUNITAS LAMUN DI PULAU MOROTAI MALUKU UTARA
• Uji Kinerja Konsorsium Bakteri (Bacillus coagulans, B. pumilus, B. subtilis, Nitrosomonas sp., B. licheniformis, Pseudomonas sp.) dalam Berbagai Bahan Pembawa (Alginat-Tepung Tapioka, Serbuk Talek-Gelatin, dan Tepung Beras-Susu Skim-Tepung Jagung-Dekstrosa) dan Waktu Kontak Terhadap Bioremediasi Perairan Asal Sungai Cimuka
• PEMANFAATAN LAHAN BASAH MENGGUNAKAN Typha angustifolia L. SEBAGAI MEDIA FITOREMEDIASI LIMBAH CAIR INDUSTRI KERTAS
• Aktivitas Antifdan Ekstrak Kulit Batang Pisitan (Lansium Domesticum Corr. Var. Piedjietan Hasskl) serta Pengaruhnya Terhadap Struktur Usus Tengah Larva Epilachna vigintioctopunctata Fabricius
• EFEKTIVITAS FORMULASI Helicoverpa armigera NUCLEAR POLYHEDROSIS VIRUS (HaNPV) HASIL SUB-KULTUR TERHADAP BERAT MAKSIMUM DAN LOLOS HIDUP LARVA Plutella xylostella
• EFEKTIVITAS FORMULASI Helicoverpa armigera Nuclear Polyhedrosis Virus SUBKULTUR (HaNPV1) DALAM BERBAGAI BAHAN PEMBAWA TERHADAP MORTALITAS DAN PERTUMBUHAN Crocidolomia pavonana Fabricius
• Pengaruh Konsorsium Bakteri (Bacillus subtilis, B. pumilus, B. circulans, Nitrosomonas sp. dan Paenibacillus amyloliticus) dalam Berbagai Bahan Pembawa (alginat-susu skim, alginat-gelatin dan serbuk baglog-serbuk talek) Serta Waktu Kontak Terhadap Kemampuan Bioremediasi Perairan Asal Sungai Cimuka
• EFEK ANTIMUTAGENIK LALAPAN KHAS JAWA BARAT (Pohpohan, Sintrong DAN Tespong) TERHADAP MENCIT (Mus musculus L.) YANG TERPAPAR TIMBAL ASETAT
• PENGGUNAAN BAMBU AIR (Equisetum hyemale) DAN ZEOLIT DALAM MENURUNKAN KANDUNGAN LOGAM BERAT TIMBAL (Pb) PADA AIR LINDI (LEACHATE) TPA SARIMUKTI BANDUNG
• KARAKTERISASI JENIS KALUS DARI EKSPLAN DAUN LADA (Piper nigrum L.) PADA MEDIUM MS (MURASHIGE & SKOOG) DENGAN PENAMBAHAN NAA DAN BERBAGAI KONSENTRASI SITOKININ
• PENGARUH PUPUK NPK DAN INOKULASI ENDOMIKORIZA TERHADAP PERTUMBUHAN DAN KADAR GULA TANAMAN STEVIA (Stevia rebaudiana Bertoni M.)
• KANDUNGAN KARBON TERSIMPAN PADA BIOMASSA VEGETASI MANGROVE DI HUTAN MANGROVE KABUPATEN NUNUKAN KALIMANTAN TIMUR
• PENERAPAN MODEL PROJECT-BASED LEARNING PADA MATA KULIAH TEKNOLOGI PANGAN UNTUK MENINGKATKAN VOCATIONAL SKILLS CALON GURU PENDIDIKAN BIOLOGI
• PENINGKATAN AKTIVITAS KERJA KELOMPOK MATAKULIAH TELAAH KURIKULUM BIOLOGI MELALUI PEMBELAJARAN KOOPERATIF BERBASIS LESSON STUDY
• PENGARUH ASESMEN PORTOFOLIO TERHADAP HABITS OF MIND DAN PENGUASAAN KONSEP BIOLOGI SISWA KELAS XI
• PENINGKATAN MOTIVASI BELAJAR BIOLOGI DENGAN MODEL PEMBELAJARAN BERBASIS MASALAH SISWA SMP ISLAM 4-5 TAMBAKBOYO
• UPAYA PENINGKATAN KETERAMPILAN SAINS DENGAN PEMANFAATAN POTENSI DAERAH PULAU BUHIAS SEBAGAI MEDIA REALIA DALAM PEMBELAJARAN IPA DI DAERAH TERDEPAN, TERLUAR, DAN TERTINGGAL (3T) KABUPATEN SITARO – SULAWESI UTARA
• MELESTARIKAN KEANEKARAGAMAN HAYATI MELALUI PEMBELAJARAN DI LUAR KELAS DAN TUGAS YANG MENANTANG
• IMPLEMENTASI METODE INKUIRI TERBIMBING BERBASIS LESSON STUDY UNTUK MENINGKATKAN KETERAMPILAN PROSES SAINS, KETERAMPILAN METAKOGNITIF, DAN HASIL BELAJAR BIOLOGI SISWA KELAS XI IPA 5 SMA NEGERI 8 MALANG