Identifikasi Synaptula (Echinodermata: Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI
ABSTRAK: Identifikasi spesies
yang terkoleksi di perairan Raja Ampat perlu dilakukan untuk mendapatkan data biodiversitas
perairan Raja Ampat. Synaptula
merupakan salah satu
timun laut dan
merupakan organisme salah satu
organisme yang cryptic
species. Penelitian ini bertujuan
untuk mengidentifikasi Synaptula yang dikoleksi dari perairan Raja Ampat
menggunakanmetode molekuler dengan marker gen COI. Alasan
memilih Synaptula untuk
diidentifikasi dikarenakan spesiemen
tersebut masih teridentifikasi
sampai tingkat genus. Metode identifikasi secara molekuler yang digunakan
adalah DNA barcoding, dengan tahapan,
isolasi DNA, PCR,
dan sekuensing. Hasil
penelitian yang telah
dilakukan menunjukkan bahwa Synaptula
dari Raja Ampat
(UNP 101) memiliki
kemiripan yang tinggi
dengan spesies Plakobranchus ocellatus dari Sulawesi dan Philipina,
namun Synaptula UNP 101 dari Raja Ampat dengan Synaptula reciprocans jarak genetik sebesar 76.8% dan nilai
similaritas sebesar 23.6% sehingga dapat
diartikan bahwa memiliki
perbedaan yang besar.
Perbedaan hasil identifikasi
kemungkinan disebabkan oleh kontaminasi
DNA template Synaptula
oleh DNA template
Plakobranchus UNP 67A dikarenakan proses identifikasi
dilakakukan dalam waktu yang bersamaan.
Penulis: Robitoh Desi
Kurniasari, Aris Soewondo, Abdul Hamid Toha
Kode Jurnal: jpbiologidd140068
