Klasifikasi Metagenom dengan Metode Naïve Bayes Classifier
Abstract: Studi metagenom
merupakan langkah penting pada pengelompokan taksonomi. Pengelompokan pada
metagenom dapat dilakukan dengan menggunakan metode binning. Binning diperlukan
untuk mengelompokkan contigs yang dimiliki oleh masing-masing kelompok spesies
filogenetik. Pada penelitian ini, binning dilakukan dengan menggunakan
pendekatan komposisi berdasarkan supervised learning (pembelajaran dengan
contoh). Metode supervised learning yang digunakan yaitu Naïve Bayes
Classifier. Adapun metode yang digunakan untuk ekstraksi ciri adalah dengan
melakukan perhitungan frekuensi k-mer. Klasifikasi pada metagenom dilakukan
berdasarkan tingkat takson genus. Dari proses klasifikasi yang dilakukan,
akurasi yang diperoleh dengan menggunakan fragmen pendek (400 bp) adalah 49.34
% untuk ekstraksi ciri 3-mer dan 53.95 % untuk ekstrasi ciri 4-mer. Sementara
itu, untuk fragmen panjang (10 kbp), akurasi mengalami peningkatan yaitu 82.23
% untuk ekstraksi ciri 3-mer dan 85.89 % untuk esktraski ciri 4-mer. Dari hasil
tersebut dapat disimpulkan bahwa akurasi semakin tinggi seiring dengan semakin
panjangnya ukuran fragmen. Selain itu, penelitian ini juga menyimpulkan bahwa
metode ekstrasi ciri yang memberikan hasil paling maksimal adalah dengan
menggunakan ekstraksi ciri 4-mer.
Penulis: Dian Kartika Utami,
Wisnu Ananta Kusuma, Agus Buono
Kode Jurnal: jptinformatikadd140187
Artikel Terkait :
Jp Teknik Informatika dd 2014
- Identifikasi Anemia Thalasemia Betha (β) Mayor Berdasarkan Morfologi Sel Darah Merah
- Implementasi Sistem Informasi Geografis Daerah Pariwisata Kabupaten Temanggung Berbasis Android dengan Global Positioning System (GPS)
- Peningkatan Akurasi Estimasi Ukuran Perangkat Lunak dengan Menerapkan Logika Samar Metode Mamdani
- Wireless Sensor Networks For Volcano Activity Monitoring: A Survey
- Identifikasi Kualitas Beras dengan Citra Digital
- Model Perangkingan Proyek Kontruksi Pada Asosiasi Kontraktor Menggunakan Fuzzy AHP
- Analisis Hubungan Proses Pembelajaran Dengan Kepuasan Mahasiswa Menggunakan Logika Fuzzy
- Internalisasi Karakter Konservasi Lingkungan melalui Media Game Deservasi (Kader Konservasi)
- Analisis Efektivitas Iklan Jejaring Sosial sebagai Media Promosi Menggunakan EPIC Model
- Implementasi Vector Space Model dalam Pembangkitan Frequently Asked Questions Otomatis dan Solusi yang Relevan untuk Keluhan Pelanggan
- Implementasi Network Attached Storage (NAS) Menggunakan NAS4Free untuk Media Backup File
- Penerapan Fuzzy C-Means untuk Deteksi Dini Kemampuan Penalaran Matematis
- Analisis Kinerja Pengenalan Telapak Tangan Menggunakan Ekstraksi Ciri Principal Component Analysis (PCA) dan Overlapping Block
- Pengaruh Kekuatan Media Sosial dalam Pengembangan Kesenjangan Digital
- Sistem Penetapan Angka Kredit untuk Kenaikan Pangkat Guru di Lingkungan Pemerintah Kota Magelang Berbasis Web
- Alat Ukur Parameter Tanah dan Lingkungan Berbasis Smartphone Android
- Implementasi Logika Fuzzy Mamdani untuk Mendeteksi Kerentanan Daerah Banjir di Semarang Utara
- Aplikasi Game Edukasi Pasang Pageh Aksara Bali Berbasis Android
- Akurasi Pembacaan GPS pada Android untuk Location Based Service (Studi Kasus: Informasi Lokasi SMA di Palembang)
- Sistem Pakar Identifikasi Varietas Ikan Mas (Cyprinus carpio) Berdasarkan Karakteristik Morfologi dan Tingkah Laku
- Jaringan Saraf Radial Basis Probabilistic untuk Identifikasi Morfologi Benih Padi Rawa Kalimantan Selatan
- Estimasi Spektrum Reflectance Citra Daun Jati Belanda Menggunakan Transformasi Wavelet
- Pemanfaatan Layanan Web Keanekaragaman untuk Pengelolaan Informasi Tumbuhan Obat Indonesia
- Pemodelan Dimensi Fraktal Multiskala untuk Mengenali Bentuk Daun
- Optimasi Aturan Asosiasi Multidimensi Menggunakan Algoritme Genetika untuk Klasifikasi Kemunculan Titik Panas