Konstruksi dan Validasi Protokol Skrining Virtual Berbasis Struktur dengan Kode PDB 3MQE, 3NTG, dan 3LN0 untuk Penemuan Inhibitor Siklooksigenase-2 (COX-2)
Abstrak: Seiring dengan
tingginya penggunaan obat inhibitor COX-2 di pasaran serta efek samping yang
ditimbulkan oleh obat-obat yang beredar saat ini maka penemuan obat inhibitor
COX-2 barudibutuhkan untuk mencari obat yang selektif terhadap COX-2 dan
memberikan efek samping yang minimal. Salah satu metode yang efektif dan efsien
untuk penemuan obat baru yaitu in silico. Telah dilakukan penelitian konstruksi
dan validasi protokol skrining virtual berbasis struktur dengan kode protein
PDB 3NTG, 3MQE dan 3LN0 menggunakan perangkat lunak PLANTS, SPORES, BKChem dan
Open Babel untuk penemuan inhibitor COX-2 baru. Dalam penelitian ini digunakan
dataset liganligan aktif COX-2 dan pengecohnya (decoy) dari The directory of
useful decoys (DUD) untuk validasi retrospektif protokol, yang terdiri dari 426
inhibitor COX-2 dan 13289 decoy. Berdasarkan kriteria nilai EF20% dan EFmax
dalam artikel Huang et al (2006) dan Yuniarti et al (2011) dihasilkan dua protokol
menunjukkan hasil yang sangat baik dan baik yaitu protokol tervalidasi
AYO_COX2_v.1.1 dan AYO_COX2_v.1.2
Penulis: ESTI MUMPUNI, ARGUN
WIDARSA, YANTI SUSILAWATI, OISAN, ARIEF NURROCHMAD, HARNO DWI PRANOWO, UMAR
ANGGARA JENIE, ENADE PERDANA ISTYASTONO
Kode Jurnal: jpfarmasidd140306
