KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

Abstract: Transgenesis pada ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organisme yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.

Keywords: karakteristik; sekuen DNA; detuksi asam amino; gen anti virus; udang windu

Penulis: Andi Parenrengi, Alimuddin, Sukenda, Komar Sumantadinata, Andi Tenriulo

Kode Jurnal: jpperikanandd090386

Artikel Terkait :

Jp Perikanan dd 2009

• PERTUMBUHAN SPORA RUMPUT LAUT Gracilaria verrucosa SECARA IN VITRO DENGAN PENAMBAHAN HORMON PENGATUR PERTUMBUHAN PADA TANAMAN
• PENILAIAN KESESUAIAN PERAIRAN UNTUK BUDIDAYA IKAN DALAM KERAMBA JARING APUNG BERDASARKAN MODEL SPASIAL PROPAGASI OMBAK MENDEKATI PANTAI
• ANALISIS FAKTOR PENTING DALAM PENGELOLAAN PERIKANAN BUDIDAYA DI KERAMBA JARING APUNG BERKELANJUTAN DENGAN METODE Interpretative Structural Modeling (ISM) DI WADUK CIRATA, JAWA BARAT
• AKTIVITAS KITINASE, LESITINASE, DAN HEMOLISIN ISOLAT DARI BAKTERI IKAN NILA (Oreochromis niloticus Lin.) YANG DIKULTUR DALAM KERAMBA JARING APUNG WADUK JATILUHUR, PURWAKARTA
• APLIKASI DOSIS FERMENTASI PROBIOTIK BERBEDA PADA BUDIDAYA UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei) POLA INTENSIF
• DIAGNOSA KOI HERPES VIRUS (KHV) DENGAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio) DENGAN NESTED TIMIDINE KINASE
• POTENSI MAGGOT UNTUK PENINGKATAN PERTUMBUHAN DAN STATUS KESEHATAN IKAN
• ISOLASI FRAGMEN TERTENTU GEN HORMON PERTUMBUHAN IKAN MAS MAJALAYA DAN NILA GIFT DENGAN METODE CTAB–PCR
• PERANAN LEMAK PAKAN DALAM MENDUKUNG PERKEMBANGAN EMBRIO, DERAJAT PENETASAN TELUR, DAN SINTASAN LARVA IKAN BAUNG (Mystus nemurus)
• PEMANFAATAN MINYAK BUAH MERAH, Pandanus conoideus Lam DAN CAROPHYLL PINK DALAM RANSUM PAKAN YUWANA IKAN KAKAP MERAH, Lutjanus sebae
• PENGARUH PENAMBAHAN KALSIUM PADA MEDIA TERHADAP SIKLUS MOLTING DAN PERTUMBUHAN BIOMASSA UDANG GALAH, Macrobrachium rosenbergii (de Man)
• HUBUNGAN PANJANG-BOBOT, PERTUMBUHAN, DAN FAKTOR KONDISI IKAN KAKAP MERAH, Lutjanus argentimaculatus DARI HASIL BUDIDAYA
• PROFIL PEMIJAHAN IKAN TUNA SIRIP KUNING, Thunnus albacares DALAM BAK TERKONTROL DENGAN ANALISIS MITOKONDRIA DNA (mt-DNA)
• PEMIJAHAN DAN PERKEMBANGAN EMBRIO IKAN PELANGI (Melanotaenia spp.) ASAL SUNGAI SAWIAT, PAPUA
• MANAJEMEN KULTUR ROTIFER DENGAN TANGKI VOLUME KECIL
• PEUBAH KUALITAS AIR YANG MEMPENGARUHI PERTUMBUHAN RUMPUT LAUT (Gracilaria verrucosa) DI TAMBAK TANAH SULFAT MASAM KECAMATAN ANGKONA KABUPATEN LUWU TIMUR PROVINSI SULAWESI SELATAN
• APLIKASI METODE PCR YANG DIMODIFIKASI UNTUK KEPENTINGAN DIAGNOSA STREPTOCCOCIS
• PEMBUATAN KULTUR SEL PRIMER DARI SIRIP EKOR IKAN MAS (Cyprinus carpio)
• SELEKSI BAKTERI PROBIOTIK UNTUK BIOKONTROL VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU, Penaeus monodon MENGGUNAKAN CARA KULTUR BERSAMA
• TOKSISITAS LETAL MOLUSKISIDA NIKLOSAMIDA PADA BENIH IKAN MAS (Cyprinus carpio)
• PENGGUNAAN BAKTERI PROBIOTIK DENGAN KOMPOSISI BERBEDA UNTUK PERBAIKAN KUALITAS AIR DAN SINTASAN PASCALARVA UDANG WINDU
• EFEKTIVITAS MINERAL KALSIUM TERHADAP PERTUMBUHAN YUWANA UDANG GALAH (Macrobrachium rosenbergii)
• KELIMPAHAN COPEPODA (ORDO: CALANOIDA) DI TELUK PEGAMETAN, BALI UTARA
• KARAKTERISTIK GENETIK POPULASI TIRAM MUTIARA (Pinctada margaritifera) TERKAIT DENGAN DISTRIBUSI GEOGRAFISNYA DI PERAIRAN INDONESIA
• REGENERASIRUMPUT LAUT Kappaphycus alvarezii (Doty) MELALUI INDUKSI KALUS DAN EMBRIO DENGAN PENAMBAHAN HORMON PERANGSANG TUMBUH SECARA IN VITRO