Sidik Jari Interaksi Protein-Ligan Ansambel pada Konstruksi dan Validasi Protokol Penapisan Virtual Bertargetkan Reseptor Kemokine C-X-C Tipe 4
Abstrak: Protokol Penapisan
Virtual Berbasis Struktur (PVBS) bertargetkan reseptor kemokine C-X-C tipe 4
(CXCR4) telah dikonstruksi dengan menggunakan PLANTS 1.2 untuk penambatan molekuler
dan PyPLIF 0.1.1 untuk identifi kasi Sidik jari Interaksi Protein-Ligan (SIPL).
Penggunaan skor ChemPLP bawaan PLANTS 1.2 dan nilai Tc-PLIF bawaan dari PyPLIF
0.1.1 untuk memilih pose terbaik dalam PVBS retrospektif memberikan nilai
Faktor Pengayaan (FP) di bawah nilai FP referensi (17,5). Meskipun demikian,
dalam PVBS retrospektif juga dihasilkan SIPL untuk masing-masing pose hasil
penambatan molekuler. Dalam penelitian yang dipaparkan dalam artikel ini,
diujicobakan analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) biner
dengan prediktor baru yaitu SIPL ansambel hasil PVBS untuk menggantikan SIPL
dari pose terbaik menurut skor ChemPLP maupun menurut nilai Tc-PLIF. SIPL
ansambel dihitung dengan memperhitungkan seluruh pose yang memiliki skor
ChemPLP di bawah skor ChemPLP tertentu dan untuk masing-masing bitstring SIPL
dihitung persentase interaksi “on”. Penentuan skor ChemPLP tertentu ini
dilakukan secara sistematis untuk mendapatkan skor ChemPLP yang memberikan
nilai F-score dan Matthews correlation coeffi cient (MCC) paling tinggi. Hasil
penelitian menunjukkan nilai F-score dan MCC dari analisis HKSA biner dengan
SIPL ansambel hasil PVBS sebagai prediktor mampu mencapai nilai 0,58 dan 0,61
dengan nilai FP mencapai 323,57, jauh lebih baik dari nilai FP protokol
referensi.
Kata kunci: penapisan virtual
berbasis struktur (PVBS), hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA) biner,
sidik jari interaksi protein-ligan (SIPL) ansambel, reseptor kemokine c-x-c
tipe 4 (CXCR4)
Penulis: ENADE PERDANA
ISTYASTONO, MUHAMMAD RADIFAR
Kode Jurnal: jpfarmasidd170189
