Sidik Jari Interaksi Protein-Ligan Ansambel pada Konstruksi dan Validasi Protokol Penapisan Virtual Bertargetkan Reseptor Kemokine C-X-C Tipe 4

Abstrak: Protokol Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) bertargetkan reseptor kemokine C-X-C tipe 4 (CXCR4) telah dikonstruksi dengan menggunakan PLANTS 1.2 untuk penambatan molekuler dan PyPLIF 0.1.1 untuk identifi kasi Sidik jari Interaksi Protein-Ligan (SIPL). Penggunaan skor ChemPLP bawaan PLANTS 1.2 dan nilai Tc-PLIF bawaan dari PyPLIF 0.1.1 untuk memilih pose terbaik dalam PVBS retrospektif memberikan nilai Faktor Pengayaan (FP) di bawah nilai FP referensi (17,5). Meskipun demikian, dalam PVBS retrospektif juga dihasilkan SIPL untuk masing-masing pose hasil penambatan molekuler. Dalam penelitian yang dipaparkan dalam artikel ini, diujicobakan analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) biner dengan prediktor baru yaitu SIPL ansambel hasil PVBS untuk menggantikan SIPL dari pose terbaik menurut skor ChemPLP maupun menurut nilai Tc-PLIF. SIPL ansambel dihitung dengan memperhitungkan seluruh pose yang memiliki skor ChemPLP di bawah skor ChemPLP tertentu dan untuk masing-masing bitstring SIPL dihitung persentase interaksi “on”. Penentuan skor ChemPLP tertentu ini dilakukan secara sistematis untuk mendapatkan skor ChemPLP yang memberikan nilai F-score dan Matthews correlation coeffi cient (MCC) paling tinggi. Hasil penelitian menunjukkan nilai F-score dan MCC dari analisis HKSA biner dengan SIPL ansambel hasil PVBS sebagai prediktor mampu mencapai nilai 0,58 dan 0,61 dengan nilai FP mencapai 323,57, jauh lebih baik dari nilai FP protokol referensi.

Kata kunci: penapisan virtual berbasis struktur (PVBS), hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA) biner, sidik jari interaksi protein-ligan (SIPL) ansambel, reseptor kemokine c-x-c tipe 4 (CXCR4)

Penulis: ENADE PERDANA ISTYASTONO, MUHAMMAD RADIFAR

Kode Jurnal: jpfarmasidd170189

Artikel Terkait :

Jp Farmasi dd 2017

• PENGARUH BAURAN PROMOSI TERHADAP KEPUTUSAN PEMBELIAN PADA PT. ASTRA INTERNATIONAL TBK- DAIHATSU CABANG MALALAYANG MANADO (STUDI KASUS PADA PEMBELI PRODUK AYLA)
• PENGARUH MANAJEMEN MODAL KERJA TERHADAP PROFITABILITAS PERUSAHAAN (STUDI KASUS PADA PERUSAHAAN FOOD AND BEVERAGES YANG TERDAFTAR DI BURSA EFEK INDONESIA PERIODE 2012-2015)
• PENGARUH PENGENDALIAN INTERNAL DAN GAYA KEPEMIMPINAN TERHADAP KINERJA KARYAWAN PADA HOTEL BOULEVARD MANADO
• EFEKTIVITAS PEMUNGUTAN RETRIBUSI IZIN TRAYEK PADA BADAN PELAYANAN PERIZINAN TERPADU KOTA MANADO
• ANALISIS PENGARUH STRUKTUR MODAL TERHADAP PROFITABILITAS PADA INDUSTRI PERBANKAN YANG TERDAFTAR DI BEI (PERIODE TAHUN 2013-2015)
• PENGARUH KOMPETENSI, DISIPLIN KERJA DAN PROFESIONALISME TERHADAP KINERJA GURU DI SMA NEGERI 1 MANADO
• PENGARUH DIFERENSIASI PRODUK DAN STORE ATMOSPHERE TERHADAP KEPUTUSAN PEMBELIAN PADA MATAHARI DEPARTEMENT STORE MEGA TRADE CENTER MANADO
• PENGARUH STORE ATMOSPHERE DAN FAKTOR PSIKOLOGIS TERHADAP KEPUTUSAN PEMBELIAN PADA MATAHARI DEPARTEMEN STORE MEGA TRADE CENTER MANADO
• PERLAKUAN AKUNTANSI CAPITAL EXPENDITURE DAN REVENUE EXPENDITURE PADA PT. GUNUNG INTAN PERMATA
• PENGARUH SISTEM PENGENDALIAN INTERN DAN PRINSIP PENGELOLAAN KEUANGAN DAERAH TERHADAP KUALITAS LAPORAN KEUANGAN PADA PEMERINTAH DAERAH KABUPATEN BOLAANG MONGONDOW SELATAN
• ANALISIS PERLAKUAN AKUNTANSI PENDAPATAN PREMI DAN BEBAN KLAIM PADA AJB BUMIPUTERA 1912 CABANG BITUNG
• PENGARUH FAKTOR-FAKTOR SEGMENTASI DEMOGRAFIS DAN SEGMENTASI PSIKOGRAFIS TERHADAP KEPUTUSAN PEMBELIAN PADA MATAHARI DEPARTMENT STORE MTC MANADO
• PENGARUH EARNING PER SHARE (EPS) DAN RETURN ON EQUITY (ROE) TERHADAP HARGA SAHAM
• PENGARUH KUALITAS PRODUK DAN KUALITAS LAYANAN TERHADAP KEPUASAN KONSUMEN PADA PERUMAHAN GRIYA PANIKI INDAH MANADO
• ANALISIS LAPORAN KEUANGAN PERBANKAN DALAM KAITAN PEMBERIAN KREDIT KEPADA CALON NASABAH STUDI KASUS PADA PT. BANK PAPUA CABANG MERAUKE PROVINSI PAPUA
• PENDEKATAN LEAN MANUFACTURING UNTUK MENINGKATKAN EFISIENSI DALAM PROSES PRODUKSI DENGAN MENGGUNAKAN VALUE STREAM MAPPING PADA CV. INDOSPICE
• PENGARUH AKUNTABILITAS DAN TRANSPARANSI PUBLIK TERHADAP KINERJA PELAYANAN DI DINAS PENDAPATAN KABUPATEN MINAHASA SELATAN
• PENGARUH HARGA DAN KUALITAS PRODUK TERHADAP KEPUTUSAN PEMBELIAN SHAMPOO CLEAR MEN DI MANADO (STUDI KASUS MAHASISWA FAKULTAS EKONOMI DAN BISNIS UNIVERSITAS SAMRATULANGI)
• ANALISIS EFEKTIVITAS DAN EFISIENSI REALISASI ANGGARAN BELANJA DINAS KEHUTANAN PROVINSI SULAWESI UTARA
• PELATIHAN DAN PENGEMBANGAN SDM DALAM RANGKA MENINGKATKAN KINERJA JURNALIS MEDIA ONLINE DI DETIKAWANUA.COM
• IDENTIFIKASI DESAIN JARINGAN RANTAI PASOKAN SAYUR KUBIS DI KECAMATAN MODOINDING KABUPATEN MINAHASA SELATAN
• PENGARUH SIKAP KERJA DAN KOMPENSASI TERHADAP KINERJA KARYAWAN PADA PT. BANK NEGARA INDONESIA (PERSERO) CABANG MANADO
• ANALISIS FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI WAJIB PAJAK MENGGUNAKAN JASA KONSULTAN PAJAK
• ANALISIS EFEKTIVITAS TATA CARA PEMUNGUTAN BEA PEROLEHAN HAK ATAS TANAH DAN BANGUNAN PADA DINAS PENDAPATAN DAERAH KOTA BITUNG
• ANALISIS REALISASI ANGGARAN BELANJA DAERAH PADA PEMERINTAH KOTA TOMOHON DAN PEMERINTAH KABUPATEN MINAHASA SELATAN